A partir del 2003, las desmovilizaciones de las AUC en Antioquia generaron varios cambios en las lógicas de la guerra.
En Medellín y en el Valle de Aburrá, la disputa por el control territorial de la ciudad propició alianzas entre la fuerza pública y grupos paramilitares que terminaron en su victoria conjunta, a comienzos del 2003. Por esta razón, el 25 de noviembre de ese año, se pudieron desmovilizar los 865 integrantes del Bloque Cacique Nutibara (BCN).
Muy pronto, las disputas entre grupos posdesmovilización y la conformación de algunos bloques como el Héroes de Granada, posibilitaron la reiteración de modalidades de violencia como las desapariciones forzadas, los desplazamientos y la violencia sexual.
La desmovilización también se vio obstaculizada porque, a pesar de la supuesta centralización de la estructura paramilitar, las AUC agruparon organizaciones con intereses y trayectorias muy disímiles. Si bien en principio esto funcionó, no había ninguna garantía de estabilidad y pronto las tensiones estallaron.
Es el caso de las contradicciones entre el Bloque Metro (BM), liderado por Rodrigo García –alias Doble Cero–, y el BCN, liderado por Don Berna. El BM, articulado a la lucha contrainsurgente junto a la familia Castaño desde las ACCU de Urabá, y el BCN, un reciclaje de las oficinas del narcotráfico de Medellín, con poder sobre las bandas y combos de la ciudad.
En 2003 estalló la confrontación entre los dos bloques que empezó en Medellín. En mayo se extendió a municipios orientales y suroccidentales del departamento con choques armados en Amalfi, La Ceja y Santa Bárbara; en junio se extendieron a Segovia y El Santuario; en agosto se registraron combates en Santo Domingo y Yalí, en el Nordeste antioqueño. Finalmente, la fuerza comandada por Doble Cero terminó replegada en San Roque, de donde fue desterrada