Con la designación del comisionado Carlos Beristain como director de la investigación y la consolidación de un Grupo de Informe Final (GIF), en marzo del 2020, se construyeron las orientaciones metodológicas generales para la escritura del Informe, se definieron los énfasis temáticos y se asentó la ruta metodológica que garantizó la calidad de la información y el avance en la investigación cuantitativa.
Con base en los hallazgos preliminares y la identificación de algunos patrones, vacíos y zonas grises, en febrero de 2021, el Grupo de Informe Final (GIF) propuso un índice preliminar del Informe Final, que fue discutido, analizado y ajustado por el pleno de comisionados para su versión final. Es por eso que los diez núcleos temáticos se reestructuraron finalmente en los once capítulos o volúmenes del Informe, con el fin de:
Explicar el conflicto:
1. Hasta la guerra tiene límites.
2. Colombia adentro.
3. No matarás.
Mostrar el lado humano del conflicto:
4. Resistir no es aguantar.
5. No es un mal menor.
6. Mi cuerpo es la verdad.
7. La Colombia fuera de Colombia.
8. Sufrir la guerra y rehacer la vida.
9. Cuando los pájaros no cantaban.
Hablar del futuro:
10. Convocatoria a la paz grande.
11. Hallazgos y recomendaciones.
Con la entrega de los avances iniciales de la investigación provenientes de la escucha (diciembre 2019 y mayo 2020), el pleno de comisionados creó un equipo de trabajo llamado Grupo de Informe Final (GIF). Este se ocupó de brindar orientaciones metodológicas, de coordinar y liderar la investigación, en las etapas de análisis, contrastación, profundización y escritura del Informe Final.
Además de proponer la ruta metodológica que debía llevarse a cabo, el GIF presentó un documento que buscó que la definición de los casos fuera coherente con lo que arrojaban los patrones, y que se articularan realmente los análisis territoriales y nacionales. Esto derivó en once documentos por macrorregiones y diez temáticos, cruciales para comprender qué había pasado en las regiones con relación a los temas priorizados, qué pasó y cómo se explicaba su persistencia.