El Frente Nacional tenía tres desafíos principales: primero, la relación con los militares, segundo la persistencia de la violencia: para entonces se calculaba que había 200 grupos armados, la mayoría de ellos considerados bandoleros. Y el tercero consistía en que una parte importante del sector rural, especialmente en el centro del país, estaba destruida física y moralmente por la guerra. Colombia necesitaba una especie de plan Marshall. El problema era que el precio del café estaba cayendo y el déficit fiscal iba en aumento.
El presidente Alberto Lleras Camargo (1958-1962) combinó una agenda militar con una social y política. De inmediato le solicitó al presidente de Estados Unidos Dwight D. Eisenhower cooperación para fortalecer las capacidades de la Fuerza Pública, al tiempo que impulsó la Comisión Nacional Investigadora de las Causas Actuales de la Violencia y un programa de rehabilitación, resucitó la reforma agraria de 1936 que llevaba dos décadas moribunda y creó instituciones para el desarrollo social y democrático como las Juntas de Acción Comunal y el Incora (Instituto Colombiano de la Reforma Agraria).
La primera misión de cooperación que envió Estados Unidos, conformada por militares y civiles de la CIA con el acompañamiento de las secretarías de Estado y Defensa, le recomendó al gobierno colombiano realizar una reforma agraria. Los expertos insistieron en la necesidad de crear una fuerza contraguerrilla, un servicio de inteligencia civil y militar que incluyera la guerra psicológica, recuperar la confianza de la población hacia las Fuerzas Armadas, reorganizar y entrenar a la Fuerza Pública y realizar acciones cívico-militares. Sin embargo, advirtieron que el esfuerzo militar no sería suficiente para pacificar al país. Señalaron la necesidad de fortalecer las instituciones en los territorios y hacer reformas estructurales. Esta visión también fue compartida por John F. Kennedy (1961-1963), quien impulsó la Alianza para el Progreso como una política de desarrollo social que evitaría más revoluciones en el continente.