El proceso de Ralito estaba basado en el principio de que habría un cese unilateral del fuego. Pero este no se cumplió cabalmente. Entre 2003 y 2006 hubo 41.135 hechos de violencia atribuidos a grupos paramilitares. Lo que puede observarse es que disminuyeron las masacres (4,7% de las víctimas de este período corresponden a esta modalidad) mientras se mantuvieron muy altos los asesinatos selectivos (59,3%) y las desapariciones forzadas (22%). Las violencias sexuales, el reclutamiento y el secuestro, persistían. Más que un cese de hostilidades en el país se vivió fue una violencia selectiva y de bajo perfil.
Algunos ejemplos son que en enero de 2004 asesinaron a Marta Lucía Hernández, directora del Parque Tayrona, quien se opuso a que ese santuario natural y étnico fuera usado como ruta del narcotráfico. El 18 de abril de 2004 en Bahía Portete una caravana de muerte enviada por Jorge 40 y alías Pablo humilló, torturó, mutiló y asesinó a tres mujeres wayuu, una niña, un joven y una persona que no se pudo identificar pues solo se halló su brazo incinerado. En septiembre de ese mismo año al profesor Alfredo Correa de Andreis, quien defendía a los desplazados en Barranquilla, Atlántico, fue asesinado por paramilitares en complicidad con el DAS. En febrero de 2005, hombres del grupo Héroes de Tolová, bajo el mando de Don Berna se aliaron con tropas de la Brigada XVII del Ejército para asesinar (degollados) a cinco miembros de una familia de campesinos (incluidos dos niños) en el Alto de Mulatos, en San José de Apartadó. La masacre era la venganza de algunos oficiales del Ejército porque dos semanas antes un frente de las FARC-EP había matado a un grupo de soldados que cayeron en un cerco tendido por los insurgentes. Más adelante, el 10 de abril de 2005, el mismo jefe paramilitar mandó a asesinar al diputado de Córdoba Orlando Benítez, lo que generó una crisis en las conversaciones.