Luego de la Asamblea Nacional Constituyente, los primeros años de la década de los noventa fueron una oportunidad para negociar con las guerrillas y someter a la justicia a los capos del narcotráfico. Sin embargo, hubo una reacción violenta a la apertura democrática. Dos de los grupos insurgentes más importantes del país no fueron incluidos en el nuevo pacto y las negociaciones con las cabezas del narcotráfico quedaron a medio camino. La Constitución de 1991, que promete una democracia pluralista y garantista de derechos, obtuvo como reacción una violencia exacerbada por parte de los actores antes descritos (las guerrillas que quedan en armas, los paramilitares narcotraficantes y las Fuerzas Militares).
Hacia mediados de la década de los noventa se reorganizó el tablero de la guerra. Las comunidades comenzaron a ser despojadas por parte de paramilitares que ya estaban constituidos en un proyecto nacional bajo el nombre de Autodefensas Unidas de Colombia (AUC), auspiciadas por el narcotráfico, un sector importante de las Fuerzas Militares y élites políticas y económicas. Mientras tanto, las FARC-EP intentaron fallidamente saltar a la guerra de movimientos, apuntaladas también en los recursos de la coca. La disputa comenzó a darse por el control del territorio y la población, llegando a los niveles de violencia más altos en la historia del conflicto. Como respuesta, creció un fuerte movimiento por la paz, en especial el de las mujeres. Se dieron grandes movilizaciones y se gestaron experiencias de resistencia social como la Guardia Indígena, las comunidades de paz y los programas de desarrollo y paz. También se consolidaron algunas instituciones garantistas de derechos como la Defensoría del Pueblo.
Las demandas de paz se cristalizaron en los diálogos realizados en El Caguán con las FARC-EP y en Maguncia con el Ejército de Liberación Nacional (ELN). Ambos intentos de paz fracasaron. Luego de estos, y con una sociedad civil hastiada de la guerra, las FARC-EP empezaron a ser vistas como las principales responsables de la violencia en el país y se abrió paso a la salida militar como la forma para solucionar el conflicto. En este periodo, el papel de Estados Unidos cobró especial relevancia con la llegada del Plan Colombia, que más que un programa contra las drogas resultó ser una estrategia contrainsurgente. La guerra se internacionalizó.
¿Cómo y por qué se disparó el conflicto armado interno en medio de la mayor apertura democrática del siglo XX en Colombia? Esa es la historia que contaremos en los cinco hitos de este periodo: 1991-La Constituyente; 1993-De los Pepes a las AUC; 1998- Proceso 8.000; 1999-El Caguán y 2001-El éxodo.