En junio de 2006 el país eligió a Álvaro Uribe como presidente por segunda vez. El año anterior, en la cumbre de su popularidad, el Congreso había tramitado una reforma constitucional que permitía la reelección. El argumento principal de quienes la defendieron era que se requería un nuevo período para consolidar la política de seguridad. Los votos de tres congresistas fueron determinantes. Después se supo que el Gobierno les ofreció prebendas a cambio del voto. Este episodio es conocido como la Yidispolítica.
La popularidad de Álvaro Uribe permitió que se manejara el concepto de Estado de Opinión, que era según sus consejeros cercanos, una fase superior del Estado Social de Derecho consagrado en la Constitución de 1991. Así el gobierno se guiaba por los sentimientos de las mayorías, más que por las funciones propias de las instituciones.
En las elecciones de 2006, la segunda votación a la Presidencia de la República la obtuvo la izquierda en cabeza del exmagistrado de la Corte Constitucional Carlos Gaviria. El Polo Democrático Alternativo se convirtió en una de las principales fuerzas opositoras al uribismo en medio de los años decisivos de la guerra.
El segundo período de Uribe fue un momento de quiebre en la guerra y también de su proyecto de seguridad democrática. De algún modo, la reelección le obligaba a culminar su objetivo de derrota militar de las FARC-EP en los siguientes cuatro años. Pero al mismo tiempo los vínculos del gobierno Uribe y su coalición política con los paramilitares, y los intentos de usar el poder desmesurado del presidente para ocultar dichos nexos, crearon una crisis institucional inédita.