El tratamiento militar dado a las regiones que estaban bajo influencia del Movimiento Agrario Comunista fue diferenciado y es posible evidenciarlo entre lo que ocurrió en Marquetalia a lo sucedido en Riochiquito, Cauca.
En Riochiquito, el coronel Álvaro Valencia Tovar, uno de los militares que participó en el Plan Soberanía, inició acercamientos con el guerrillero Ciro Trujillo e intentó convencerlo de abandonar las armas y cortar relaciones con Marulanda, y trató de ganarse a la población con las acciones cívico-militares. Años después Valencia Tovar reconoció en una entrevista al diario El Espectador que los terratenientes caucanos ejercieron una fuerte presión para que estas acciones concluyeran y se actuara militarmente. (Paz Trullo et al., Fuerzas Militares de Colombia Ejército Nacional III División, 17.)
Lea acá el relato histórico: No Matarás.
Los argumentos para que se diera un desenlace militar fueron esgrimidos por la naciente guerrilla cuando se tomó el municipio de Inzá, Cauca, el 17 de marzo de 1965, con el fin de conseguir armas, dinero y víveres.
La toma fue condenada por el gobernador del Cauca y los directorios departamentales liberal y conservador, quienes aprovecharon el hecho para promover la intervención militar de Riochiquito.
El general Ruíz Novoa, ya en retiro, denunció que lo que querían algunos terratenientes era «apoderarse de las ricas tierras que hoy explotan los campesinos de Riochiquito para lo cual no vacilan en incitar al ejército a entrar a sangre y fuego a esta región, diciendo que esos campesinos, sus mujeres y sus niños solo son merecedores del exterminio». (Alape cita una carta enviada por Ruiz Novoa a la sección de cartas al director de El Tiempo (Alape, Tirofijo: los sueños y las montañas, 46). Esta versión es recogida en una noticia del Semanario Voz Proletaria del 8 de abril de 1965 en la que se reproducen apartes de la carta enviada por Novoa a El Siglo).
La presión de los políticos caucanos para que se atacara Riochiquito seguía su curso, pero este no era un asentamiento menor. El propio Ciro Trujillo, en carta al comandante del Ejército, le aclaró que la región constaba de 2.800 fincas donde había ganado, cerdos y aves de corral. Y un censo que hizo el movimiento agrario calculaba en 5.000 las personas que vivían allí.
Valencia Tovar escribió sobre Riochiquito «se desarrolló un sistema agrario de enorme interés sociológico y que es en esencia la teoría marxista de la no propiedad, particularmente similar con el sistema comunitario del manejo de la tierra propio de las antiguas parcelaciones indígenas con influencia quechua (…) de manera que cuando se produce la sobre posición de la guerrilla con la comunidad indígena al sistema comunitario, encontró una plena armonía» (Alape, Tirofijo: los sueños y las montañas, 51-52).
No obstante, Valencia Tovar fue trasladado a Santander y el Ejército intervino militarmente Riochiquito en septiembre de 1965. Con esta acción, el Gobierno dio por terminadas las repúblicas independientes. A su vez, miles de familias, resguardadas por los guerrilleros del Bloque Sur (como se denominaron primeramente las cuadrillas guerrilleras del sur del tolima y sus alrededores), iniciaron la colonización de las selvas del Caguán en Caquetá, el Ariari, en Meta, y el Cauca, en pos de la tierra.