Cuando comienzan los procesos de independencia a principios del siglo XIX, ya existían casos como el del primer territorio libre de América: San Basilio de Palenque. Su fundador Benkos Biohó logró que en 1713 se firmara un pacto de paz con el gobernador de Cartagena, el obispo Antonio María Cassiani y los habitantes del palenque.
Por razones estratégicas, los palenques eran inicialmente móviles, y luego se constituyeron en asentamientos perdurables en los que los pueblos negros nos organizamos y creamos instituciones propias que aún perviven. Algunas comunidades negras de la Guajira como Tabaco, Roche, Manantial, Patilla y Chancleta, fueron producto de negros cimarrones y palenques fundados en 1780 a lo largo del cauce del río Ranchería.
Formas organizativas como la capitanía de Páez, conformada en 1910 con el primer capitán Andrés Lucumí, tienen su origen en la forma de organización propia de los palenques.