El portal de microdatos es un portal donde se dispone la información estructurada que ha llegado a la Comisión de la Verdad; allí se organizan los conjuntos de datos (bases de datos o dataset) que han sido aportados por diferentes organizaciones del país (privadas, públicas y organizaciones sociales). Este portal ha sido implementado a través del software de código abierto CKAN, por tanto, puede ser considerado como un repositorio de datos abiertos. Toda la información contenida en el portal de microdatos es información estructurada; es decir, todo lo que se ha migrado al portal de microdatos es información estadística y/o bases de datos (anonimizadas -públicas- o sin anonimizar -privadas-) en función de diferentes temáticas. Las entidades que más información ha aportado son: Agencia Nacional de Tierras, Fiscalía General de la Nación, Unidad de Restitución de Tierras y la Unidad para las Víctimas.