El gobierno de Samper intentaba, en teoría, brindar una atención diferenciada al pequeño cultivador de marihuana, coca y amapola, a quien le ofrecía la sustitución, a través del Programa de Desarrollo Alternativo (Plante). En el caso de la coca, el Gobierno sin embargo entendía que las grandes extensiones de cultivos tenían carácter industrial y pertenecían a narcotraficantes en asocio con las FARC-EP.
La narrativa instalada desde los años ochenta, reforzada por Estados Unidos y el propio Ejército colombiano, afirmaba que en Colombia había una narcoguerrilla y que los cultivos eran un problema de seguridad nacional. Por eso al tiempo que se planteó la sustitución se hizo fumigación a escala masiva con una ofensiva militar en la que todo lo que oliera a coca era tratado como un problema insurgente. La aspersión fue la estrategia que se impuso, dado que la sustitución requería un esfuerzo en desarrollo rural que el Estado nunca hizo. Algunos de los argumentos históricos a favor del glifosato han consistido en que, como los campesinos no tienen títulos de tierra, el Estado no puede sustentar sus proyectos.
En el mediano plazo lo que ocurrió se llamó efecto balón: los cultivos cambiaron de lugar. Peor aún, se expandieron por todo el país en modalidades de pequeñas parcelas mezcladas con otros cultivos de pancoger para no ser detectados por los satélites. La resiembra no se hizo esperar y tampoco las mejoras genéticas que a lo largo de tres décadas han hecho que cada hectárea produzca más coca y, en consecuencia, más cocaína.