El Cartel de Medellín era dueño de casi todos los laboratorios en el sur del país, ocultos en la frondosa manigua. Sacar la cocaína de las selvas implicaba una gran operación logística. Se hacía por aire, en aviones a la vista de las autoridades, y por carreteras, que eran y son aún hoy las vías principales para sacar la cocaína hasta los puertos. La Comisión de la Verdad identificó 17 corredores que desde hace décadas son las rutas de las economías ilícitas y que en su mayoría afectan a territorios étnicos.
Los narcotraficantes compraron millones de hectáreas en los lugares más productivos del país como el Magdalena Medio, el Caribe y los Llanos, crearon ejércitos privados cerca de los puertos y despojaron y desplazaron a campesinos, indígenas y comunidades afro. Buscaban lavar dinero, controlar rutas, disponer de territorios que les proveyeran seguridad, aprovechar las pistas aéreas de estas regiones y en muchas ocasiones comenzar una transición hacia economías legales. En la práctica comenzaron una contrarreforma agraria, que se consolidaría a lo largo de las décadas siguientes.
En 2005 la Contraloría General de la Nación hizo un estimativo y afirmó que en el país había 4,4 millones de tierras controladas por narcotraficantes y paramilitares. Si Colombia tiene hoy un área cultivable de 26,5 millones de hectáreas, eso significa que para mediados de la década del 2000 el 16% de la tierra con potencial aprovechable estaba en manos de estos actores ilegales.
Este fenómeno va de la mano de la expansión paramilitar, quienes, financiados por narcotraficantes, terratenientes y apoyados por algunos sectores de las Fuerzas Armadas, fueron pieza fundamental de esta contrarreforma. Testimonios de campesinos de Caquetá, Amazonas, Guaviare, Cauca y Putumayo demuestran que oficiales del Ejército y Policía protegían estos complejos, mientras las guerrillas, en particular las FARC-EP, cobraban impuestos a la siembra y a los laboratorios.