Varios testimonios, documentos e investigaciones periodísticas dan cuenta de que la relación entre los Pepes, el Bloque de Búsqueda y el Departamento Administrativo de Seguridad no se limitó a la recepción de información de inteligencia. Bajo la mirada complaciente de un gobierno que se fijó la eliminación de Escobar como objetivo primordial, narcotraficantes y autoridades trabajaron de la mano, sobrepasando los límites de la legalidad.
El 29 julio de 1993 el embajador de Estados Unidos se reunió con el fiscal Gustavo De Greiff, quien le informó que tenía «muy buena» evidencia de que el comandante del Bloque de Búsqueda y cuatro oficiales más estaban involucrados en sobornos, narcotráfico, abusos de derechos humanos y posibles asesinatos. De Greiff afirmó que las relaciones entre la Policía y los Pepes «llegaron demasiado lejos pues no solo estaban realizando operaciones conjuntas, algunas de las cuales resultaron en secuestros y posibles asesinatos, sino que eran las cabezas de los Pepes quienes estaban tomando las decisiones, y no la Policía» (Cabe, U. S. Embassy, «19930801», 1 de agosto de 1993, Colombia Documentation Project -NSA).