Entre 2006 y 2010 la Corte Suprema de Justicia investigó el entramado de la parapolítica. Con base en la revisión de sentencias expedidas por esta y juzgados locales, así como de noticias judiciales, una investigación realizada para la Comisión de la Verdad (hipervínculo a Comisión de la Verdad. Curaduría de Casos. Caso #13 Partidos políticos y paramilitarismo: el Estado de Autodefensa) estableció 87 casos de políticos condenados por aliarse con grupos paramilitares para llegar al Congreso de la República y a gobernaciones departamentales.
La mayoría (47) pertenecían a partidos nuevos, fundados con no más de tres años de antelación a los comicios en los que participaron, muchos de ellos conformados por grandes barones electorales que migraron de los partidos tradicionales; los 25 congresistas restantes pertenecían al Partido Liberal y al Partido Conservador. Igualmente, se evidenció una alta concentración de congresistas en los departamentos de Antioquia y la Costa Caribe, pese a que la parapolítica operó en casi todos los departamentos de Colombia.
Una magistrada de Justicia y Paz afirmaba, con base en su investigación, que «todas, absolutamente todas las instituciones estaban al servicio de los paramilitares»*, por cuenta del uso de la violencia contra los funcionarios que se resistían a la entrada del paramilitarismo y por la participación directa de funcionarios de todo nivel que decidieron actuar en beneficio propio. *(Entrevista 001-VI-00049. Exfuncionaria de la FGN)
En general, la relación entre política y paramilitarismo fue tan estrecha que, en ocasiones los paramilitares ejercieron como políticos y, en otras, los políticos fueron paramilitares. Así, en la mayoría de los casos fallados por la Corte Suprema de Justicia contra parapolíticos, no se les ha condenado por fraude o delitos electorales, sino por paramilitarismo.
A medida que la Corte avanzó en la investigación y se develó la red de complicidades con el paramilitarismo, animada sobre todo por intereses económicos, la relación de la Corte Suprema de Justicia con el presidente Uribe se hizo más tensa. Desde 2008 el presidente inició los señalamientos contra el magistrado auxiliar de la Sala Penal, Iván Velásquez. Según el mandatario, por querer vincularlo con grupos paramilitares, particularmente en el caso de su primo Mario Uribe. Con un montaje, el abogado de Uribe pretendió enlodar al principal investigador de la Corte. También hubo compra de testigos y otras argucias para debilitar el proceso. Otro obstáculo fue la extradición de los jefes paramilitares: «Nosotros veníamos escuchando a los jefes paramilitares, con la extradición, ese canal se cortó absolutamente». (Entrevista 001-VI-00044. Exmagistrado de la Corte Suprema de Justicia exiliado)
Aunque muchos congresistas renunciaron al fuero para ser investigados por la Fiscalía General de la Nación, donde se sentían más favorecidos, en septiembre de 2009 estos casos volvieron a manos de la Corte Suprema de Justicia. Para entonces la propia Corte había desacelerado el proceso, al quitarle el respaldo al grupo investigador.
Para la Corte, quienes fungían como voceros políticos legalmente reconocidos, realmente hacían parte de la cúpula de los grupos paramilitares y en tal condición integraban el directorio de mando que diseñaba, planificaba, proyectaba, forjaba e impulsaba las acciones que debía desarrollar la empresa criminal en aras de consolidar su avance y obtener más réditos dentro del plan diseñado.
En general, el curso de las investigaciones también demostró que las alianzas construidas no eran tan estables como se pensaba. Tanto paramilitares rasos, como comandantes de mediano y alto rango, así como los políticos investigados y otros funcionarios involucrados fueron lanzando acusaciones mutuas sobre su participación en reuniones con la cúpula de las Autodefensas o con comandantes de alguna de los bloques o estructuras regionales.
Además de la manipulación de testigos, el proceso judicial se alteraba por cuenta del chantaje de excombatientes de los grupos paramilitares a otros miembros, a través del cobro de extorsiones en dinero, para no mencionar sus nombres en las versiones ante la justicia. La Comisión de la Verdad conoció casos de excombatientes del Frente Juan Andrés Álvarez que extorsionaban a empresarios y ganaderos para no hablar de ellos ante la justicia. (Entrevista 653-PR-03100. Empresario, ganadero)