El 29 de mayo de 1994 se produjo la primera vuelta de las elecciones presidenciales que ganó Ernesto Samper Pizano por escasos 20.000 votos. La segunda vuelta se produciría el 19 de junio. Entre ambas elecciones, entraron a la campaña de Samper 5.000 millones de pesos aportados por el Cartel de Cali, aunque no todos fueron legalizados dentro de la contabilidad de esta (Vargas, Lesmes, y Téllez, El presidente que se iba a caer).
Vale aclarar que era la primera vez que el país se enfrentaba a dos rondas, lo que impulsaba nuevas alianzas. En el sistema político se mantenía la preeminencia de los «caciques» regionales y la compra de votos, por lo que el dinero se convirtió en la fórmula para lograr la victoria.
Para matar a Pablo Escobar las instituciones colombianas y agencias de Estados Unidos se habían unido no solo con los más poderosos narcotraficantes, sino con los dueños de ejércitos privados que habían exterminado a la Unión Patriótica, a los principales líderes de oposición y a jueces e investigadores judiciales. La relación se haría difícil de disolver en los años siguientes cuando, con el pretexto de que Colombia seguía en guerra, se dio una imbricación más compleja entre los diferentes actores de la violencia política y/o criminal. La guerra no era el único escenario. También estaban la política y la economía, donde ya los competidores de Escobar tenían fuertes tentáculos.
El Cartel de Cali había acumulado tal nivel de poder que a comienzos de 1994 era la prioridad de la DEA. Para entonces su fortuna se calculaba en 2.000 millones de dólares y le fueron detectadas más de 200 empresas a través de las cuales traficaba, lavaba activos y se relacionaba con las élites económicas y políticas. Los Rodríguez Orejuela estaban explorando un sometimiento a la justicia que les permitiera casa por cárcel y legalizar su fortuna, bajo la premisa de que la extradición ya no era posible.
Matar a Escobar creó la ficción de que el narcotráfico estaba golpeado, pero esto no era cierto. La nueva Constitución había dejado en manos del Fiscal General de la Nación, figura recién creada, la facultad de ofrecer beneficios judiciales a cambio de cooperación. El fiscal Gustavo de Greiff tenía listo un proyecto en este sentido, que no gustaba en los Estados Unidos. La DEA quería la captura y extradición de los Rodríguez Orejuela y no una negociación con ellos. Pocas semanas después de que Samper fuera elegido (y antes de su posesión), mediante una maniobra jurídica el fiscal De Greiff fue retirado. Mientras tanto, Estados Unidos comenzaba una intervención en la política de Colombia, mucho más evidente que en el pasado. El gobierno de Bill Clinton incidió directamente en el nombramiento del comandante de la Policía, el general Rosso José Serrano, y del nuevo fiscal general, Alfonso Valdivieso. Ambos tenían la tarea de acabar con el Cartel de Cali. Estados Unidos no solo descertificó a Colombia en la lucha contra el narcotráfico, sino que le retiró la visa al presidente Samper en 1996.