Algunos sectores del Gobierno se opusieron a la creación de las Convivir. Sin embargo, se impuso la opinión del ministro de Defensa, Fernando Botero. A su favor estaba el argumento según el cual, en plena apertura económica, las guerrillas se expandían por todo el país usando el secuestro y la extorsión como métodos de financiamiento y se percibía que ni la fuerza pública ni la justicia podían brindarles seguridad, lo cual tenía relativo fundamento.
En abril de 1997, la revista Alternativa publicó denuncias de que funcionarios del Ministerio de Defensa de Colombia habían vendido ilegalmente armas a Convivir vinculadas a narcotraficantes y paramilitares. Este cable indica que la Embajada había hablado con los ex empleados del Ministerio de Defensa que fueron las fuentes de los cargos, y que estas conversaciones privadas "le dieron un grado significativo de credibilidad a las denuncias", incluyendo que muchos de los grupos Convivir estaban "en hecho de grupos paramilitares financiados por narcotraficantes”.