El 7 de enero de 1999 Manuel Marulanda Vélez, comandante en jefe de las FARC-EP, dejó vacía la silla que tenía asignada al lado del Presidente Andrés Pastrana, quién llegaba a la negociación en El Caguán con una amplia legitimidad para la búsqueda de la paz.
La imagen de Pastrana sentado, vestido de camiseta blanca, con una bandera de Colombia de fondo y a su costado una silla desocupada, fue la metáfora de las narrativas que se posicionaron durante ese proceso. De un lado aparece Pastrana, paciente y comprometido con la causa de la paz, y del otro una ausencia. De un lado un gesto de confianza; del otro, desconfianza.
Las FARC-EP explicaron que Marulanda no llegó al acto de instalación de los diálogos de paz porque tenía información de que había paramilitares infiltrados para matarlo. Para el Gobierno eso era un imposible dado que la seguridad de la zona de distensión estaba en manos de la propia guerrilla. Años después, según Pastrana, un diplomático cubano le confesaría que Marulanda tuvo un cálculo político: si aparecía en la foto se creería que el acuerdo ya era un hecho y él era el comandante de un ejército en guerra. La foto sería una señal de debilidad.
Diez días antes de la instalación de la Mesa de Diálogo, dos Frentes de las FARC-EP rodearon el campamento de Carlos Castaño, jefe de las Autodefensas Unidad de Colombia en el Nudo de Paramillo y en una batalla campal estuvieron a punto de matarlo. Lo salvó Salvatore Mancuso, quien lo evacuó en medio de los combates en un helicóptero. La guerra entre ambos bandos iba in crescendo y se jugaba en ambos campos: era una disputa por territorio y por legitimidad política.
El único embajador que asistió a la instalación de los diálogos fue el de Estados Unidos, Curtis Kamman, lo cual era una señal del voto de confianza que este país le daba al proceso. Para la comunidad internacional y la opinión pública la ausencia de Marulanda fue un desplante e incluso una premonición de fracaso.
A pesar de la ausencia de Marulanda, ese día el Gobierno y las FARC-EP hicieron una declaración conjunta en la que reiteraban su voluntad de buscar la reconciliación de los colombianos y confirmaban la instalación de una mesa de diálogo, en la que se prepararía una agenda y un cronograma para adelantar negociaciones formales de paz.