La respuesta de la ANUC al pacto de Chicoral fue el «Mandato Campesino», un documento que insistía en las vías de hecho como mecanismo para acceder a la tierra, especialmente de aquellas que, según ellos, no estaban cumpliendo su función social. La Asociación también se declaró independiente del Gobierno y enarboló la consigna de «la tierra para el que la trabaja».
El 20 de julio de 1972 se realizó el Segundo Congreso de la ANUC en Sincelejo al que asistieron por lo menos diez mil campesinos. Pero el Gobierno citó al mismo tiempo a otro congreso en Armenia, por lo que en adelante hubo dos ANUC: una autónoma, de izquierda, y otra cercana al Gobierno. En la línea de Armenia estaba ese campesino mediano propietario, como los caficultores del eje cafetero, y en la de Sincelejo, personas que estaban buscando acceder a la tierra. Algunos de ellos consideraban válida la acción guerrillera y se inscribieron en la defensa de la «combinación de formas de lucha», mientras que otros sectores liberales e independientes mantenían distancia del accionar armado.
La ruptura de la ANUC con el Gobierno incrementó la represión contra el movimiento. Entre 1971 y 1972 hubo alrededor de 3.000 detenciones arbitrarias de campesinos. En algunos casos los dueños de las haciendas, amparados por la ley de defensa nacional, utilizaron grupos armados para intimidar y obligar al desalojo de las fincas tomadas. Un líder campesino lo recordó así ante la Comisión de la Verdad: «Llegaron a las cuatro de la mañana armados con cuatro rangers. Nos cogieron desprevenidos. Menos mal que los compañeros que estaban de guardia (...) nos alertaron. Nos levantaron a plomo, nos mataron los animales, nos quemaron la casa». (Entrevista 483-PR-00222. Hombre, Campesino, Líder comunitario)
Y otro dijo que «la mayoría de los directivos de la ANUC tuvieron que irse al asilo político. Muchos fuimos amenazados, tuvimos que escondernos, salirnos de aquí», recordaron algunos líderes de la ANUC ante la Comisión de la Verdad. (Entrevista 333-CO-00067. Colectiva, Campesinado, Líderes)