La DEA se ocupó de robustecer el grupo de informantes de antiguos socios de Escobar, del que se convertiría en estrella el antiguo jefe de seguridad de los Galeano: Diego Fernando Murillo, alias Don Berna. Según Castaño los Pepes actuaban en dos frentes. Por un lado, recogían información de inteligencia que hacían llegar a las autoridades y, por el otro, estaba el grupo armado que perseguía, torturaba y mataba a socios y familiares de Escobar.
Más que un grupo armado organizado, los Pepes fueron una red de alianzas que actuó bajo un propósito común con algunas cabezas visibles: el Cartel de Cali, Fidel Castaño, las Autodefensas del Magdalena Medio y otros antiguos socios de Escobar. La aparición de los Pepes fue oficialmente rechazada por las autoridades que estaban a cargo de la captura de Escobar, aunque las acciones de este nuevo grupo les resultaban convenientes a sus fines. Esta ambigüedad quedó representada en un memorando que un oficial de la DEA envió a Washington. «Los ataques perpetrados por Los Pepes demuestran su intención de tomar represalias contra Escobar toda y cada vez que éste lleve a cabo un atentado terrorista (…) Aunque ni la Policía Nacional de Colombia ni la Embajada de Estados Unidos aprueben las citadas acciones, quizá éstas persuadan a Escobar por miedo a perder a miembros de su propia familia» (Mark Bowden, Matar a Pablo, 229).
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