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La postura del gobierno
Los años 2006 y 2007 fueron el punto más alto de ejecuciones extrajudiciales cometidas por miembros de la Fuerza Pública y para 2008 estos hechos ya habían acaparado la atención de los medios de comunicación y de la opinión pública. Pese a esta situación, la postura gubernamental seguía siendo negacionista, sugiriendo que se trataba de una estrategia de desprestigio hacia las fuerzas militares.
La respuesta del gobierno
Así dijo el Presidente Álvaro Uribe en marzo de 2009: «Las Fuerzas Armadas de Colombia, en ese proceso de ser eficaces y transparentes, corrigen gustosas cualquier falla, no aceptan ‘falsos positivos’ y tampoco se van a dejar acomplejar por falsas acusaciones. Nosotros somos los primeros en exigir que no haya ‘falsos positivos’, que haya total transparencia, pero tenemos que ser los primeros en denunciar que mucha gente, amparada en el tema de ‘falsos positivos’, lo que ha hecho es crecer falsas acusaciones, para tratar de paralizar la acción de la Fuerza Pública contra los terroristas» (Secretaria de Prensa de la Presidencia de la República, «“Fuerzas Armadas no aceptan ‘falsos positivos’ y tampoco se van a dejar acomplejar por falsas acusaciones”: Uribe»).
Ante la Comisión de la Verdad, el exministro y expresidente Juan Manuel Santos dijo que escuchó por primera vez de estos hechos cuando asumió el Ministerio de Defensa en julio de 2006, pero que fue hasta enero de 2007 que empezó a tomar en consideración las denuncias de las que nombró como «fuentes creíbles». En el interregno se registraron 765 víctimas de ejecuciones extrajudiciales.
«Confieso que en mis primeros meses en el ministerio oí los rumores sobre la posible existencia de los falsos positivos, pero como entonces no pasaban de ser rumores sin evidencia que los sustentara, no les di credibilidad. No me cabía en la cabeza que algo así pudiera estar ocurriendo» (Presentación del expresidente de la República, Juan Manuel Santos, ante la Comisión para el Esclarecimiento de la Verdad, la Convivencia y la No Repetición. Bogotá, 11 de junio de 2021, 11).
Santos insistió, como lo hicieron ante la Comisión de la Verdad algunos miembros de la Fuerza Pública, que sí existe una guerra jurídica y que inicialmente atribuyó estas denuncias a una estrategia de la insurgencia.
La reacción internacional
A finales de 2006 e inicios de 2007, la comunidad internacional y en particular el Gobierno de Estados Unidos, mostró su preocupación por la situación y retuvo por unos meses el desembolso de los recursos económicos al comprobarse el incumplimiento de los estándares de derechos humanos. Desde ese momento, la negación de la práctica de los falsos positivos ya no fue una opción para el gobierno.
La actuación ambivalente del Gobierno
El expresidente Juan Manuel Santos, entonces ministro de Defensa, dijo ante la Comisión de la Verdad que impulsó políticas de derechos humanos que buscaban erradicar la práctica de los falsos positivos: «A los cien días de asumir el cargo (el 15 de noviembre de 2006) yo mismo les dije a nuestros hombres y mujeres de las fuerzas que los derechos humanos estarían en el centro de nuestra acción, y anuncié unas primeras medidas. De ahí en adelante insistimos una y otra vez en la conexión entre protección de derechos, legitimidad y efectividad. Ese mensaje de la legitimidad como centro de gravedad permeó la institución y se convirtió en doctrina formal» (Comisión de la Verdad, «Juan Manuel Santos en Contribuciones a la Verdad», 11 de junio de 2021).
En junio de 2007 se emitió la Directiva Permanente 10 que creó el Comité de Seguimiento a Denuncias sobre Casos de Presuntos Homicidios en Persona Protegida, con la participación de los mandos de las Fuerzas Militares, la Fiscalía General, la Procuraduría General, así como la Oficina de la Alta Comisionada de Naciones Unidas para los Derechos Humanos y el Comité Internacional de la Cruz Roja. No obstante, el Ejecutivo mantuvo la estrategia de defensa construida sobre un discurso de estigmatización de las organizaciones y víctimas denunciantes, y se siguieron emitiendo guías que consideraban las bajas en combate como elementos para tener en cuenta en la obtención de reconocimientos, como la Directiva Permanente 0142 del 4 de mayo 2008 firmada por el general Mario Montoya que volvió a delinear los criterios para el otorgamiento de la medalla por servicios distinguidos en materia de orden público.
Una vez los casos se volvieron de conocimiento nacional e internacional, el Gobierno y las Fuerzas Militares adoptaron el discurso de individualización de la responsabilidad, al señalar que «no se trataba de un fenómeno generalizado y que esos homicidios ilegales solo eran casos aislados» (Naciones Unidas. «Informe del Relator Especial sobre las ejecuciones extrajudiciales»).
Nuevo comandante del Ejército
Si bien la creación de la Comisión transitoria de investigación por el escándalo de las personas desaparecidas y ejecutadas extrajudicialmente provenientes de Soacha, Cundinamarca, que derivó en la posterior destitución de 27 militares en octubre de 2008 , 13 más en noviembre del mismo año y 11 adicionales en enero de 2009, influyeron en la caída de los casos a nivel nacional, el posterior nombramiento como comandante del Ejército del general Oscar Enrique González Peña por parte del entonces presidente Álvaro Uribe iba en contravía de una solución de fondo pues este ha sido mencionado como parte de la práctica de falsos positivos .
Tras la renuncia de Juan Manuel Santos al ministerio de Defensa en mayo de 2009 se frenaron varias reformas como las que venía haciendo Luz Marina Gil como presidenta de la Justicia Penal Militar. Gil había sido nombrada en septiembre de 2006 por Santos para enfrentar los escándalos de corrupción que enlodaban a la Fuerza Pública. Álvaro Uribe mantuvo el doble discurso de tomar medidas para eliminar las ejecuciones extrajudiciales, mientras, por otro lado, defendía a los militares ante las supuestas «falsas denuncias».
