Las marchas cocaleras hicieron que los paramilitares entraran a disputarles a las FARC-EP los territorios donde se sembraba y producía la coca. Uno de ellos era Mapiripán, entre Meta y Guaviare, donde el Frente 16 de las FARC-EP tenía una presencia importante y cobraba impuesto sobre la coca producida. Para los comandantes de las AUC este era un territorio perfecto para sus planes de expansión al sur del país y aumento de control de las economías de la coca.
En Guaviare recuerdan así la llegada de los paramilitares, ocurrida el 12 de julio de 1997: «Entonces se agravó peor la situación porque los campesinos, que nunca habían estado metidos ni en la izquierda ni en la derecha, eran más o menos neutrales pero pasaban de un sector a otro al vender su producto, en ese caso la base de coca, y el otro grupo le cobraba la vida porque había roto la frontera y mucha gente, se puede decir mucha, mucha gente pereció de esa manera» (Entrevista 433-VI-00001. Hombre, exalcalde de Calamar y líder en las marchas cocaleras) .
El 12 julio de 1997, el diario El Tiempo relató cómo desde las pistas de Apartadó y Necoclí (Antioquia) que se encontraban bajo control de la Brigada XVII del Ejército, partieron los aviones que transportaban a más de 70 paramilitares de Urabá hacía San José del Guaviare. Cuando arribaron a San José abordaron dos camiones que pasaron en frente de la sede del Batallón Joaquín París. Unos kilómetros más adelante, superaron sin ninguna dificultad un retén militar en el sitio Sinaí, que esa unidad militar tenía instalado. Luego de cruzar medio país, los camiones se dirigieron al casco urbano de Mapiripán, donde finalmente ejecutaron la masacre.
Un Informe aportado por diversas organizaciones a la Comisión de la Verdad, señaló que «el 14 de julio de 1997, los paramilitares siguieron hasta Charras que queda en la otra orilla del río Guaviare, a solo veinte minutos por río de Mapiripán, con lo cual se evitó la salida y llegada de cualquier apoyo a la población. Estando allí, sacaron a todos los habitantes de sus casas, les reunieron en la plaza principal y les repartieron la revista “Colombia Libre” con un inserto titulado “Al Pueblo de Guaviare”. El firmante de este último era el recién creado Frente Guaviare de las AUC, que amenazaba de muerte a todo aquel que pagara “impuestos” a las FARC-EP, o que de algún modo les “colaborara”» (Informe 748-CI-00650, Colectivo de Abogados José Alvear Restrepo (Cajar) et al., «El llanto del arpa», 78).
Un líder paramilitar relató este suceso a la Comisión de la Verdad: «El avión sale para Mapiripán un día antes, entonces nosotros despachamos en la mañanita a los 60 hombres en el avión. Allá fue Doble Cero, Cero Cuatro, y nosotros pues que andábamos con ellos, a Los Cedros, al propio aeropuerto, nos metimos adentro del manglar con toda la gente, los despachamos ahí, nos despedimos ahí de abrazos, ahí salió Otoniel, El Cura, de abrazo porque ellos iban adelante sin armas. La gente salió de la vereda El Guineo, salimos en busetas en la mañanita al aeropuerto, ahí los despachamos del angar, nos despedimos de ellos, salieron ellos en el avión rumbo a San José del Guaviare, era un vuelo charter. Nosotros apenas ya el avión despegó, que ya nos despedimos de mano de ellos, nos abrazamos, porque ellos iban muy asustados porque ellos iban adelante, las armas las habíamos dejado todas en la vereda El Guineo empacaditas. Y ellos iban adelante, para una zona guerrillera que nos hablaban que eso era el fin del mundo. La orden que Carlos dio y Doble Cero dio era que no quedara un alma en Mapiripán. Yo escuchaba de Mapiripán, Meta, que eso era la madriguera, que era la casa de la guerrilla. Pero esa orden sí se la dieron a Otoniel a todo mundo: "la orden es quemar, desaparecer del mapa a Mapiripán, Meta"» (Entrevista 084-PR-00402. Actor armado, Hombre, Exintegrante del Bloque Centauros y de las AGC).
La masacre de Mapiripán marcó la entrada de las AUC en la zona. Esto implicaba un paso importante en la expansión paramilitar en los llanos orientales y en la posterior consolidación del Bloque Centauros de las AUC. En Mapiripán se reflejó un modus operandi que sería el preámbulo de otras masacres perpetradas por paramilitares en otras regiones del país como parte de su ruta expansiva, en las que existen serios indicios de responsabilidad de la Fuerza Pública por acción u omisión.