La deposición del General Rojas Pinilla fue seguida por el nombramiento de una Junta Militar que gobernó de manera transitoria (1957-1958) y ofreció amnistía a las autodefensas y guerrillas que seguían en armas. Esta vez los comunistas se acogieron a la pacificación. Nunca entregaron las armas, sin embargo, la promesa era no usarlas.
El hecho de no entregar las armas se debió a que los comunistas habían observado cómo algunos líderes de las guerrillas liberales que sí lo habían hecho antes, como Guadalupe Salcedo, habían muerto asesinados. Por eso, aunque no las entregaron, se comprometieron a no usarlas. Manuel Marulanda se convirtió en inspector de carreteras, Ciro Trujillo se dedicó al liderazgo sindical en Cauca, y Charro Negro a llevar cine por los pueblos (estos tres eran guerrilleros liberales que habían hecho tránsito al comunismo y no habían dejado las armas cuando el general Rojas Pinillo ofreció una amnistía en 1954).