Si bien la guerilla del EPL dejó las armas y participó en la Constituyente, este proceso de desmovilización no logró evitar la circulación de armas y combatientes a otras estructuras, mucho menos contribuyó a la rehabilitación de los territorios y a la protección a la vida de sus bases sociales y de la población en general.
Dos ex alcaldes de Apartadó, Antioquia, identificaron en una Contribución de Verdad ante del CEV algunos factores que impidieron que la desmovilización del EPL pacificara la región de Urabá:
El ataque de las FARC-EP contra reinsertados de Esperanza, Paz y Libertad (movimiento político de desmovilizados del EPL), por considerar que habían traicionado a la revolución.
La formación de los Comandos Populares, grupo armado creado por desmovilizados del EPL para defenderse de ataques de FARC-EP, que era vista como una amenaza para la propiedad y la hegemonía política.
La indiferencia del Gobierno, las fuerzas sociales y políticas ante múltiples llamados para apoyar y proteger la desmovilización.
Comisión de la Verdad. Contribuciones a la Verdad. Urabá: laboratorio de guerra y paz. 19 de marzo de 2021.
Por un tiempo, las FARC-EP actuaron junto a la disidencia del EPL, sin embargo, esta relación terminaría en guerra. Con el ingreso de las ACCU a la ofensiva en el Urabá antioqueño, chocoano y cordobés, la situación se complejizó. Estas autodefensas y los Comandos Populares actuarían para contrarrestar a un enemigo en común: la disidencia del EPL y las FARC-EP, a su vez enfrentadas entre sí.
Los civiles fueron carne de cañón en una guerra en la que se les señalaba de infiltración o de traición y en la que eran atacados a modo de retaliación. Esta confrontación también tuvo lugar en el campo político. La UP y Esperanza, Paz y Libertad se recriminaban mutuamente por las acciones violentas contra los militantes de estos partidos y acusaban complicidad frente a estas acciones.
En este contexto, el conocido Consenso de Apartadó fue importante para disminuir los niveles de violencia en la región. Para 1994, las FARC-EP habían prohibido a los partidos proponer candidatos para la Alcaldía de Apartadó. En ese momento, el nombre de Gloria Cuartas emergió como una posibilidad para bajar los niveles de violencia y de competencia electoral. Cuartas no hacía parte de ningún partido tradicional ni de ningún grupo armado y, a su vez, mantenía buenas relaciones con sectores políticos de izquierda. Presidió un Concejo en el que había 4 concejales de la UP, 4 de Esperanza, Paz y Libertad, uno del Movimiento Fuerza Progresista y uno de cada partido evangélico. Tras su elección como alcaldesa, inició un mandato de unidad para la paz que se desarrolló al tiempo que el paramilitarismo cobraba fuerza en la región (Carroll, Democratización violenta).
La máxima expresión de la espiral de violencia que ocurría en la región de Urabá fue la masacre en el barrio obrero conocido como La Chinita. La noche del 23 de enero de 1994, un comando de las FARC-EP ingresó al barrio y disparó indiscriminadamente contra los presentes, quienes disfrutaban de una verbena popular organizada por integrantes de Esperanza, Paz y Libertad.
Esta masacre en la que murieron 35 miembros de Esperanza, Paz y Libertad, fue reconocida por las FARC-EP como un crimen de guerra el 30 de septiembre de 2016. Iván Márquez admitió que una estructura miliciana había perpetrado la matanza, pero no reconoció la autoría intelectual de los jefes de esa guerrilla. El hecho quedó en el plano de un error de un mando medio, lo cual no ha sido aceptado por algunas víctimas, según constató la Comisión de la Verdad en un encuentro de justicia restaurativa realizado en diciembre de 2018 en Turbo, Antioquia.
Por su parte, Elda Mosquera, alias Karina, reconoció estos hechos ante la Comisión de la Verdad y señaló: «La masacre de La Chinita fue como en enero del 94, yo incluso acepté eso por línea de mando. Hemos dicho que aunque la masacre de La Chinita no fue ordenada en su totalidad por FARC, pero que sí fue ordenada la muerte de varios dirigentes que estaban ahí en el barrio La Chinita. Incluso hay uno de los muchachos, cuentan en Justicia y Paz, que a él se le dio el plan de venir a matar cuatro dirigentes de ahí del EPL, del movimiento Esperanza, Paz y Libertad. Entonces, les dieron la orden a ellos; debido a esos cuatro, mataron todo ese gentío» (Entrevista 058-PR-02107. Mujer, excombatiente, desmovilizada).