El 2 de diciembre de 1993, mientras Escobar hablaba por teléfono con su hijo, los Pepes y el Bloque de Búsqueda ubicaron la casa donde se escondía en Medellín y lo mataron mientras intentaba huir por el techo. Hay diferentes relatos sobre quiénes hicieron parte de la operación. Se le ha atribuido el tiro que lo mató al hermano de Don Berna, conocido como Semilla, versión que fue corroborada por la Comisión de la Verdad con altas fuentes de la Policía.
Por los crímenes de los Pepes solo investigaron a Fidel Castaño, quien fue asesinado un mes después que Escobar. Queda, sin embargo, el reconocimiento tácito y tal vez tardío de algunos quienes participaron en la persecución contra Escobar. Para Óscar Naranjo, exdirector general de la Policía y para ese momento jefe de Inteligencia de la Policía Nacional, «los Pepes son, probablemente, la equivocación más notoria, visible e histórica que cometimos nosotros en la lucha contra Pablo Escobar…Hubo una especie de desespero de la sociedad, de la institucionalidad, y le pareció legítimo que cualquier persona colaborara». (Tribunal Superior del Distrito. Sala de Conocimiento de Justicia y Paz de Medellín. Septiembre, 2014. Sentencia, MP Rubén Darío Pinilla Cogollo. P 132)
Para Joseph Toft, director para entonces de la DEA en Colombia, la muerte de Escobar a cualquier precio dejó un sabor agridulce, pues le preocupaba haber creado un monstruo peor que el que enfrentaba. Meses después de su salida de Colombia acusó al presidente Ernesto Samper de haber recibido dineros del narcotráfico y calificó a Colombia como una «narcodemocracia». Su conclusión de este episodio la resumió en una entrevista: «No sé cuál sea la moraleja de la historia, espero que no sea que el fin justifica los medios». (Bowden, Matar a Pablo, 317)