Las conversaciones entre el gobierno de Belisario Betancur y el EPL iniciaron el 10 de marzo de 1984 y el 23 de agosto se firmó el cese del fuego. Si bien la tregua obligaba a cesar actividades militares, los ganaderos, comerciantes y otros sectores económicos y políticos de regiones como Córdoba, Antioquia o Caldas no vieron mermar la presión de los guerrilleros en cuanto a imposición de cuotas o amenaza de secuestro.
No obstante el acuerdo de cese al fuego, a mediados de septiembre de 1984 el EPL entró en enfrentamientos con la VIII Brigada del Ejército, en zona rural de los municipios de Quinchía y Riosucio. Hubo varios heridos. En la madrugada del 3 de octubre de 1984, Luis Fernando Lalinde, de 26 años, miembro del PC-ML e integrante del EPL, salió de su casa para intentar rescatar a uno de los heridos pero nunca apareció. Unidades del Batallón Ayacucho del Ejército lo asesinaron y desaparecieron su cuerpo. Aunque el Ejército sostuvo por muchos años que Luis Fernando era alias Jacinto y había muerto en combate, dos años después la CIDH logró demostrar que Lalinde había sido detenido por el Ejército. El Estado colombiano fue condenado por estos hechos y doce años después el cuerpo fue entregado a su madre Fabiola Lalinde, un emblema de las mujeres buscadoras en Colombia. Este fue uno de los episodios que comenzó a empantanar la viabilidad de la paz con el EPL.
El hecho de que el Partido Comunista de Colombia Marxista Leninista (PCML) tuviera un vínculo directo con el EPL, dado que por ejemplo Ernesto Rojas era al mismo tiempo el jefe militar de la guerrilla y del Comité Central del Partido, hacía especialmente vulnerables a sus militantes políticos que no participaban en actividades armadas. Esta doctrina de «combinación de formas de lucha» se convirtió en pretexto de la alianza paramilitar para poner como blanco militar a los no combatientes o, en todo caso, a personas en estado de indefensión. Esta fue la esencia de la guerra sucia para sabotear el proceso de paz.
El EPL tenía su mayor fortaleza en Antioquia y Córdoba, particularmente en Urabá y en Medellín. Impactaba tanto en el movimiento campesino como en el obrero, especialmente en el magisterio y en la agroindustria del banano. Serían estos sectores los más golpeados por la guerra sucia desatada por las Fuerzas Armadas en alianza con los paramilitares. Para 1983 el EPL decidió fortalecer sus fuerzas de combate, mejorar su calidad y capacidad combativa. Esto significó en la práctica la creación de los primeros Estados Mayores Regionales en Córdoba y Urabá. Allí su actividad política durante la tregua le había permitido un crecimiento exponencial entre la clase obrera del banano.
Los sindicatos se hicieron fuertes y las huelgas frecuentes. Se realizaban justo en los días de corte de la fruta y así, si no había un pronto arreglo con los patrones, esta se podría y las pérdidas eran millonarias. A eso se sumó que tanto las FARC como el EPL asesinaron a decenas de administradores de fincas y capataces. Al calor de la tregua, entre 1984 y 1985, el PCML impulsó la toma de tierras en Apartadó, como reacción al hacinamiento inhumano en el que vivían los trabajadores del banano en la región, en barracas, sin libertad ni condiciones mínimas de vida. Estas tomas de tierra desataron procesos complejos de violencia en los años siguientes.
Dentro de la estrategia insurgente, que parecía tener éxito en Centroamérica, se buscaba «liberar» ciertas zonas estratégicas. Esto era un requisito para que la insurgencia fuera reconocida por otros países como fuerza beligerante. Las guerrillas, en particular el EPL, creían que Urabá, con su ubicación estratégica, sería la primera «zona liberada» de Colombia. Idéntico análisis hacían las Fuerzas Armadas. Así la región se convirtió en el más terrible teatro de guerra, junto al Magdalena Medio. La poca fe que se tenía en la paz se demuestra en que, en febrero de 1985, el EPL decidió construir un ejército de combate, abandonar la lucha defensiva y ampliarse al Viejo Caldas, Valle del Cauca, Putumayo, Santander y la Guajira. En junio de ese año, participó en los acercamientos con las guerrillas que no estaban en tregua (ELN, PRT y el MIR Patria Libre), como un primer intento de crear una gran coordinadora guerrillera. También se entrenó una fuerza conjunta con el M-19 en la lógica de tomar posiciones y defenderlas como ejército.