Al iniciar el gobierno Uribe, el ELN se había convertido en un actor de segundo plano en la guerra, había perdido control en varias zonas y tuvo que replegarse a zonas de frontera. No obstante, realizó actos de guerra para demostrar que seguía vigente, como el secuestro de 8 extranjeros en la Sierra Nevada de Santa Marta en septiembre de 2003. La falta de resultados militares y presión de los países de origen de los secuestrados llevaron a Uribe a buscarle una solución negociada al problema.
Aunque ambas partes expresaron la necesidad de sentarse a hablar de paz, la propuesta solo empezó a andar en 2005. Esto se debió, primero, a que al interior del ELN no había un consenso sobre el tema; y segundo, a que Uribe hacía énfasis en una conversación para la desmovilización y entrega de armas, en vez de conformar una Convención Nacional (definida por este grupo como ‘un ejercicio de democracia directa donde la sociedad es quien diseña el futuro que nos obliga a todos’) para construir un acuerdo político amplio, y mucho menos estaba dispuesto a establecer una zona de despeje como la concedida a las FARC-EP en el gobierno de Pastrana.
Aun así, a finales de 2005 comenzó en Cuba la primera de ocho reuniones que se extendieron hasta 2008, con el fin de avanzar en una mesa de negociación. En ese lapso, el ELN realizó su IV Congreso en 2006, en el que se reafirmaba que el diálogo no era una «negociación para la desmovilización ni claudicación de la lucha», asunto que, sumado a cuándo y cómo se entregarían las armas y al de la Convención Nacional, se convirtió en el principal escollo a superar. Finalmente, pese a los esfuerzos por mantener los acercamientos, a mediados de 2008 se cerraron las posibilidades de nuevas reuniones. La conversación entre Estado y ELN se retomaría durante el segundo gobierno de Juan Manuel Santos, pero quedaría inconclusa al llegar al gobierno Iván Duque (2018-2020).