Las FARC-EP y el presidente Andrés Pastrana se sentaron a conversar en San Vicente del Caguán en un momento político favorable al diálogo. Sin embargo, el proceso de negociación no llevó a celebrar la paz. Desde sus inicios, las conversaciones estuvieron marcadas por una imagen que representaba la desconfianza de las FARC-EP: la de la silla vacía, destinada a Manuel Marulanda, comandante en jefe de las FARC-EP, en la instalación de la Mesa de Diálogo.
Durante los diálogos, el conflicto se intensificó. Esto supuso un desgaste del proceso, que fue perdiendo apoyo ciudadano hasta que se hizo insostenible al iniciar el año 2002. Pese a la voluntad de hacer la paz, en el plano militar el conflicto estaba desbordado. Si bien al inicio de las conversaciones las condiciones políticas eran favorables, al mismo tiempo Colombia presenciaba la expansión del paramilitarismo, la sofisticación de las Fuerzas Militares y la subordinación de lo político a lo militar en las FARC-EP. En cuestión de tres años, un país que se la había jugado por la paz pasaba a ser convocado a cerrar filas contra los violentos y se decantaba por combatir militarmente al «terrorismo».