Mientras ocurría la negociación con el Gobierno, al interior de las autodefensas había guerras intestinas. En 2002 se habían enfrentado Hernán Giraldo y Jorge 40 por el control de la Sierra Nevada de Santa Marta. En los Llanos orientales se enfrentaron las Autodefensas Campesinas del Casanare (ACC), al mando de Héctor Buitrago y su hijo conocido como Martín Llanos, con el Bloque Centauros de las AUC, al mando de Miguel Arroyave, socio entrañable de Vicente Castaño. El Bloque Centauros se impuso, gracias al apoyo del Ejército y la Fuerza Aérea, pero poco después Arroyave fue asesinado por otros de sus socios-competidores. Los combatientes de este bloque no se desmovilizaron y se convirtieron en una de las estructuras que más aportó al reciclaje del fenómeno paramilitar en los años siguientes.
Vicente Castaño probablemente también fue asesinado por sus socios en 2007. El mando lo tomó Daniel Rendón o Don Mario quien mantuvo un ejército ilegal en el Urabá antioqueño y en la región oriental del país. Luego de su captura en 2009, el liderazgo lo tomaron los hermanos Úsuga, excombatientes del EPL y de las ACCU, bajo la denominación seudo-política de Autodefensas Gaitanistas de Colombia o Clan del Golfo.
La otra guerra abierta era entre Rodrigo Doble Cero y Don Berna. La ganó éste último, quien desde los tiempos de los Pepes tenía el dominio del mundo criminal en Medellín y buena parte de Antioquia. Doble Cero fue asesinado en Santa Marta en mayo de 2004 por orden de Jorge 40, mientras los diálogos de Ralito continuaban.
Estas guerras paramilitares no eran simples reyertas entre criminales. En cada una de ellas murieron cientos de personas. En Casanare y Meta los muertos y desaparecidos de esta guerra se cuentan por miles. Un canoero de Puerto Guadalupe en el municipio de Puerto López, Meta, relató a la Comisión de la Verdad cómo tuvo que trasladar centenas de combatientes en medio de esta confrontación. «Imagínese usted un momento, por un momento digo, que le llamen a usted una o dos de la mañana, en la hora de la tarde cruzó usted 200, 500 personas vivas a un combate y tipo 10 o 11 de la mañana golpean en la casa, en la puerta, usted ya sabía que le tocaba estar listo disponible y súbase a esos motores a esas canoas y hágale, cuando la sorpresa usted encontrar arrumes de cadáveres de todos esos Urabeños échenle a la canoa, esa sangre corriéndole a uno por los pies y usted con la achicadora de la canoa saqué agua sangre y bote al río, el asco se le va, el miedo» (Entrevista: 253-VI-00026. Poblador de Puerto Guadalupe, jurisdicción de Puerto López, Meta).
En particular, muchachos jóvenes, niños recién reclutados o tomados a la fuerza, en algunos casos fueron entrenados con métodos para convertirlos en monstruos. Por fuentes del Ejército se conoció que en el marco de la operación Santuario fueron rescatados 300 menores reclutados por las Autodefensas Campesinas de Casanare (ACC). Los jóvenes, provenientes del sur del Casanare, Villavicencio y de localidades del suroccidente de Bogotá, fueron llevados a través de intermediaros que los engañaban o lo llevaban a la fuerza y cobraban a Martín Llanos entre 250.000 y 300.000 por persona.