La Comisión estableció los mecanismos necesarios para garantizar la inclusión de metodologías, categorías y preguntas de investigación específicas que permitieran entender cómo y por qué las mujeres, las niñas y las personas LGBTIQ+ fueron particularmente victimizadas.
Las violencias sexuales y reproductivas como violación a los derechos humanos con especial énfasis en el género y edad de las víctimas, y la persecución de las personas LGBTIQ+ como un factor de persistencia de violencia, fueron clave en este proceso.
El equipo encargado de esta labor fue el Grupo de Trabajo de Género, uno de los primeros en llegar a la Comisión. Se conformó por varias de las mujeres que impulsan procesos feministas y de mujeres en el país. Ellas garantizaron la incorporación del un enfoque feminista y la transversalización del enfoque de género como una apuesta ética de escucha a las víctimas y su reconocimiento.