Existieron denuncias que sugerían que miembros del Bloque de Búsqueda trabajaban en conjunto con los Pepes. En febrero de 1993 el Bloque organizó una operación para capturar a Escobar en una finca de Bolombolo, Antioquia, en la que, según la DEA, participó Fidel Castaño, quien para entonces ya había sido sentenciado como reo ausente a 20 años de prisión por concierto para delinquir y era investigado por su participación en varias masacres.
Varios asesinatos de miembros cercanos a Escobar se atribuyen a “los Pepes”. Los Pepes asesinaron 2 abogados de Escobar en la Cárcel Modelo de Bogotá y el 16 de abril asesinaron a otro abogado y a su hijo, en venganza del carro bomba instalado por Escobar el 15 de abril.