La Comisión de la Verdad recibe documentos de entidades que son depositarias de otras. Algunos documentos son desclasificados por lo que las entidades depositarias, a veces, reorganizan los archivos por colecciones temáticas, como el caso de NSA. Un caso similar ocurre con con SOA Watch, quienes además traducen documentos. En el caso local el CNMH recopila información de distintas fuentes, cuentan con documentos que tienen un criterio de organización estructurado, como el caso del Observatorio de Memoria y Conflicto, pero hay muchas carpetas que se reciben con códigos o números sin mayor información, lo que imposibilita determinar el origen de algunos de los documentos.