El enfoque de género en el trabajo de la Comisión de la Verdad ha sido una herramienta de análisis que reconoce el impacto desproporcionado del conflicto armado en la vida de las mujeres y las niñas en consecuencia de la violencia que los actores armados ejercieron contra ellas en razón de su género; así como en la vida de lesbianas, gais, bisexuales, transgénero e intersexuales en razón de su orientación sexual e identidad de género. En ese sentido, la Comisión incorporó el enfoque de género como un elemento transversal en todo su ámbito de trabajo y contempló entre sus funciones la creación de un grupo de trabajo de género que contribuóe con tareas de carácter técnico, de investigación, preparación de Encuentros de la Verdad con enfoque de género, así como la coordinación con organizaciones y plataformas de mujeres, de lesbianas, gais, bisexuales, transgénero e intersexuales.
Evidenciar las formas diferenciales en que el conflicto afectó a las personas en razón de su género, orientación sexual e identidad de género ha sido el punto de partida para la implementación de medidas que restituyan sus derechos, esclarezcan los patrones de violencia a las que fueron expuestas, promuevan su reconocimiento, la responsabilidad de los perpetradores, visibilice los mecanismos que construyeron cotidianamente y que apostaron a la construcción de la paz de manera permanente en los territorios. En este análisis, la Comisión tuvo en cuenta el trabajo ya abordado por organizaciones y movimientos de mujeres que estudiaron el conflicto armado y sus impactos concretos en mujeres, niñas y personas LGBTI, desde su diversidad multiétnica y pluricultural.