Uno de los debates que hubo en torno a las Convivir era si debían o no usar armas de uso privativo de las fuerzas militares. El entonces gobernador de Antioquia, Álvaro Uribe Vélez (1995-1997), defendió la primera opción: «Nosotros le pedimos a las Convivir de Porce que colaboraran mientras llegaban las tropas, pero ellos nos respondieron que no tenían los recursos porque mientras la guerrilla tenía toda clase de armas, ellos solo contaban con revólveres y changones» (Comisión Colombiana de Juristas, Colombia, derechos humanos y derecho humanitario).
En conversación con la Comisión de la Verdad, el expresidente Uribe reconoció en una breve mención que esto pudo ser un error de su parte.
Hubo muchas cooperativas que usaron armas ofensivas. Una investigación del CINEP encontró que de enero a diciembre de 1996 el Comité Consultor de las Superintendencia aprobó la compra de diferentes tipos de armas para las Convivir: «422 subametralladoras, 373 pistolas 9 mm, 217 escopetas de repetición, 17 ametralladoras Mini-uzi, 70 fusiles, 109 revólveres 38 largo y 41 armas de uso restringido -que pueden ir desde fusiles Galil hasta ametralladoras M-60, lanzacohetes, granadas de fragmentación, rockets y morteros» (Revista Alternativa, n.º 8, 12, citada en: Cinep, «Las Convivir: la legalización del paramilitarismo», 260).
El 27 de junio de 1997 la Corte Constitucional prohibió la utilización de armas y municiones privativas de la Fuerza Pública a cualquier tipo de servicio u organización, ordenando su pronta entrega al Comando General de las Fuerzas Militares.
Este cable informa sobre la revelación realizada en octubre de 1997 por el senador colombiano Fabio Valencia de que un oficial de alto rango del ejército colombiano, el coronel Juan Octavio Triviño Herrera, había hecho circular un memorando en el que pedía a las organizaciones locales de Convivir que "enviaran al ejército listas de candidatos locales, incluidos sus afiliaciones políticas, grado de aceptación entre la gente, sus simpatías hacia las instituciones democráticas, el gobierno y las fuerzas militares, y qué grado de influencia local ejercen”. La Embajada comenta que el coronel Triviño probablemente solo estaba cumpliendo con “su deber tal como lo veía”, y agregó que su comandante, el general Carlos Ospina, “tiene reputación de guerrillero agresivo. El error de Triviño, dice la Embajada, “no consistió en pedir ayuda a las Convivir para identificar la amenaza de la guerrilla… sino en extenderla para investigar la confiabilidad política de los propios candidatos y, peor aún, ser descubierta de manera tan pública”.