Como reacción a la expansión del comunismo y al agotamiento del modelo conservador, en la religión se produjo una reforma de fondo. En enero de 1959 el Papa Juan XXIII convocó al Segundo Concilio Vaticano con el objetivo de poner al día a la Iglesia católica con las nuevas realidades culturales. Una de estas era la necesidad de entablar un diálogo con el mundo comunista. El Concilio Vaticano tuvo un gran impacto en América Latina y por supuesto en Colombia, de gran tradición católica.
La opción preferencial por los pobres
En 1968 se reunió en Medellín el Consejo Episcopal Latinoamericano (Celam) que adaptó las conclusiones del Concilio Vaticano para la región. De allí salieron conceptos muy profundos para el mundo católico. Uno de ellos fue la opción preferencial por los pobres, antecedente conceptual de la teología de la liberación que se desarrollaría en los años sesenta y setenta. Uno de los precursores de este movimiento en Colombia fue monseñor Gerardo Valencia.
La jerarquía eclesiástica colombiana, sin embargo, emitió un contradocumento y con este dejó planteadas las diferencias entre las dos corrientes. De hecho, en 1968, Monseñor Valencia lideró una reunión del grupo Golconda en Viotá, Cundinamarca, que señalaría los lineamientos más fuertes de la teología de la liberación en los años que siguieron. Al interior de Golconda había diversidad de corrientes, desde unas radicales que terminaron defendiendo la lucha armada hasta otras que nunca acudirían a ella. Sin duda, la historia de Camilo Torres, su proceso de radicalización en el marco del Frente Nacional inspiró a muchos.
En un país en el que la Iglesia había cogobernado con las élites y se había destacado por el anticomunismo, este giro generó un cambio trascendental. El trabajo pastoral se encaminó hacia la formación política de las comunidades especialmente campesinas e indígenas, así como las poblaciones marginadas en las ciudades.
El papel que cumplió la Iglesia de los pobres sirvió para la organización de las comunidades. Muchos religiosos, religiosas y laicos fueron asesinados por ello. En particular, quienes se unieron a la lucha por la tierra de campesinos e indígenas. Un ejemplo es el del padre Tiberio Fernández en Trujillo, Valle, cuyas iniciativas en favor de la comunidad le costarían la vida. A partir del informe presentado por la Mesa Ecuménica por la Paz (MEP), la Comisión de la Verdad pudo verificar que entre 1972 a 2013 ocurrieron 48 asesinatos de religiosos entre sacerdotes, catequistas, religiosas, laicos comprometidos, líderes ministeriales, pastores, asistentes de la iglesia.