El plan era realizar la fumigación con previa ubicación de cultivos por parte de la Dirección Antinarcóticos de la Policía Nacional en coordinación con las autoridades locales, en una acción cívico policial, con una evaluación periódica de resultados, una auditoría ambiental, bajo la consideración de áreas de manejo especial, reservas naturales, y programas de rehabilitación social, económica y ecológica a través de un CONPES. Desde entonces se encargó a la ONU el monitoreo del crecimiento y/o disminución de los cultivos.
Algunos de los argumentos que usaron los diferentes gobiernos colombianos a favor de las fumigaciones con glifosato fueron, primero, que la presencia e incidencia de las guerrillas en las zonas de cultivo de coca no permitían otro tipo de estrategias; segundo, que las grandes extensiones del cultivo demostrarían su uso industrial en manos de carteles del narcotráfico; tercero, que no estaba probado el daño causado por este herbicida y en cambio era eficaz. «Fue cuando el ministro de defensa [Fernando] Botero dijo que el glifosato no hacía daño, que él podía tomarse un vaso y bañarse con glifosato y que eso no era dañino» (Entrevista 433-VI-00001. Ex alcalde de Calamar, Guaviare, y líder en las marchas cocaleras).