En julio del 2000, Estados Unidos aprobó un paquete de ayuda a Colombia por 1.300 millones de dólares, de los cuales un 80% estarían destinados a fortalecer la capacidad operativa de la Fuerza Pública y solo un 20% a la asistencia económica y social.
El Plan Colombia representa un hito fundamental en el acercamiento entre los dos Estados en torno a su cooperación en seguridad, así como un punto central en el proceso de modernización de las fuerzas de seguridad colombianas. Después de que el enfoque de Cesar Gaviria hacia las drogas fuese percibido por Washington como «blando», y el de Samper estuviese caracterizado por la falta de legitimidad y nexos con el narcotráfico, la presidencia de Andrés Pastrana comenzó a ser vista como la piedra angular para el acercamiento entre los dos países. Tras el asesinato de los tres indigenistas estadounidenses por parte de las FARC-EP, en febrero de 1999, Estados Unidos concentró sus esfuerzos en la aprobación del Plan Colombia, que ya no sería el plan de desarrollo socioeconómico que se había pensado sino que se volvería un plan de guerra, representativo de los intereses de Estados Unidos.
En el Congreso estadounidense concordaban en que era indeseable que ese país se viera sumido en un nuevo conflicto armado al estilo de El Salvador o Vietnam. Por esta razón, el Plan trató de no cruzar la línea invisible que separaba la lucha antinarcóticos de la contrainsurgente. Si bien en términos formales la asistencia no estaba violando esos parámetros, en la práctica esto era muy diferente. Por eso voces colombianas, pero también estadounidenses, comenzaron a plantear la necesidad de romper la línea divisoria y utilizar recursos del Plan Colombia en la lucha contra las guerrillas. Como lo sugirió el general Gary Speer, «para el operador, es muy difícil distinguir entre las FARC-EP como traficantes de droga, las FARC-EP como organización terrorista y las FARC-EP como organización insurgente». En la siguiente década esto conduciría a una guerra sin cuartel contra las FARC-EP.