Las élites económicas y los jefes de los partidos Liberal y Conservador observaban que la violencia no cesaba y ellos ya no controlaban a los Pájaros ni a las autodefensas. A eso se sumó que Laureano Gómez debió retirarse de la Presidencia por problemas de salud. Dejó como presidente encargado a Roberto Urdaneta (1951-1953). Fue entonces cuando una coalición de conservadores, liberales, empresarios e Iglesia indujeron el golpe militar del general Gustavo Rojas Pinilla. En ese momento la guerra no era solo bipartidista, pues el Partido Comunista mantenía a las autodefensas armadas.
La segunda ola de la Violencia, que corresponde a la dictadura del general Gustavo Rojas Pinilla (1953-1957), se concentró en las regiones del movimiento agrario comunista y las zonas cafeteras. Rojas pertenecía a la tradición conservadora y llegó a la Presidencia por las desavenencias que había en el interior del Partido Conservador. El exitoso golpe de Estado que protagonizó contó con la aprobación de los liberales, quienes creían que el gobierno militar podría traer la reapertura de la democracia que se había cerrado en 1949 y su participación en la política. A diferencia de otras dictaduras militares latinoamericanas de la época, la de Rojas no era un proyecto político autónomo, sino un mecanismo temporal para dirimir las disputas entre liberales y conservadores. Sin embargo, con el paso de los meses, Rojas demostró que quería alejarse del bipartidismo tradicional e implementó acciones dictatoriales para gobernar.