Durante el gobierno de Andrés Pastrana (1998-2002), a pesar del esfuerzo por la paz la guerra se intensificó. Todas las violaciones de derechos humanos se dispararon y al final de su mandato la disputa territorial llevó a que el Estado tuviera presencia en el centro del país mientras las regiones estaban controladas por guerrilleros o paramilitares. En el Departamento de Estado de EE.UU se comenzó a hablar de que Colombia era un estado semi fallido. Efectivamente, gran parte del territorio no tenía seguridad sino métodos de terror y no tenía justicia sino violencia.
La disputa por el territorio consistió en su vaciamiento y control convirtiendo a la población civil en amigo o enemigo. Impidiéndole la posibilidad de participar o simpatizar con las partes, y de declararse neutral o hacer cumplir normas elementales. Si hay un momento en el que los paramilitares, en alianza con fuerzas del Estado, y las guerrillas, se nivelaron fue en este: usaron métodos iguales, defendidos con los mismos argumentos, aunque obedecían a intereses diferentes.
El Estado perdió presencia, legitimidad y autoridad en medio de las disputas entre paramilitares y guerrilla en gran parte del territorio. Ante la falta de presencia estatal o bajo los ataques directos o indirectos del Estado, la población se transformó en objetivo militar de ambos grupos armados y le fueron impuestas diferentes formas de control social, político y económico. Esto afectó de manera desproporcionada a los pueblos étnicos.
Las AUC se expandieron desde Urabá y buscaron entroncar el Caribe con el Catatumbo, el Magdalena Medio y el departamento de Antioquia. Era un movimiento que actuaba en una amplia alianza con agentes del Estado, funcionarios públicos, políticos y élites económicas. Se intensificaron las masacres y desapariciones forzadas en las que el Estado actuó en connivencia con los paramilitares o los dejó operar impunemente. Este grupo eliminó con violencia a los competidores de su proyecto, fueran de derecha o izquierda e instauró sistemas de control social orientados a la obediencia y el silencio.
Mientras tanto, las FARC-EP salieron desde la zona de despeje en El Caguán y buscaron fortalecerse en el sur del país mediante la toma de pueblos y estaciones de Policía. Impidieron la actuación de las instituciones del Estado en el ámbito local y aumentaron la violencia contra funcionarios públicos. Sus blancos fueron tanto alcaldes y gobernadores como concejales, diputados y líderes políticos y sociales que no adhirieron o no les obedecieron.
Entre 1980 y 2012 los alcaldes y concejales sufrieron la violencia que se disparó con la elección popular de alcaldes y que tuvo un nuevo pico a finales de los noventa y principios del 2000, en territorios controlados por actores armados e instituciones filtradas por estos, o como resultado de la batalla a sangre y fuego entre paramilitares y guerrillas por el control de municipios.
En el ejercicio de un cargo público, algunos sacaron provecho personal de la anomía institucional, otros ejercieron una labor en la que se veían obligados a seguir a diario las indicaciones de quienes realmente ordenaban el territorio y, aunque muchos recurrieron al exilio, muchos otros terminaron asesinados o desaparecidos.
Una funcionaria pública de Calamar, en Guaviare, lo relata así: «Ya en ese entonces, (...) el orden público era terrible, porque nosotros los funcionarios éramos declarados objetivo militar. Entonces, no podíamos viajar por tierra, no. Al ser funcionarios de un municipio controlado por la guerrilla, al recorrer la carretera corrían el riesgo de ser torturados, asesinados o desaparecidos por los paramilitares. Nos tocaba sólo por avioneta. O de pronto cuando llegaban los vuelos de apoyo del Ejército, ahí lo llevaban a uno gratis». (Entrevista 267-PR-00449. Funcionaria pública de Registraduría)
En muchos departamentos, desde 2001 los alcaldes y concejales despacharon desde las capitales. Muchos intentaron renunciar, pero los gobernadores y el propio Ministerio del Interior lo impidieron. En algunos casos los concejos en pleno fueron masacrados por las FARC-EP como en Rivera (Huila) y Puerto Rico (Caquetá). Al respecto, la escritora Laura Restrepo cuestiona la realidad de estos años diciendo: «en otras latitudes los políticos amenazados recurren al exilio, al retiro, a la clandestinidad. Aquí no; la muerte es uno de los gajes del oficio». (Restrepo, Laura. La herencia de los héroes. Revista Semana).