Al tiempo que las organizaciones herederas del paramilitarismo se disputaban violentamente el territorio, el ELN mantenía su estrategia de repliegue y exploración de diálogos con Álvaro Uribe Vélez. En simultáneo se involucró de manera más activa en las economías ilegales del narcotráfico y la minería de oro. Ya fuera cobrando un impuesto o controlando el negocio en su totalidad.
El IV Congreso del ELN, celebrado a mediados del 2006, condensó la estrategia de replegarse donde fuera necesario, priorizar los espacios urbanos y continuar con su estrategia de influenciar en el poder regional antes que pensar en una toma del poder por las armas, como lo habían pensado tras su fundación. Un cambio estratégico fundamental que explica su actuación en las últimas dos décadas. Para ello, emprendieron acciones como la decisión de fundar el Frente de Guerra Urbano Nacional (FGUN) cuyo deber era realizar ataques terroristas de alto impacto y apoyar a la movilización social.
Respecto al narcotráfico el IV Congreso mantuvo su prohibición como medio de financiación. Un pronunciamiento que contrasta con la realidad. Para este momento diferentes estructuras como las del Catatumbo, Cauca, Chocó y sur de Bolívar empezaron a vincularse a diferentes márgenes de esta economía y habían priorizado para sus finanzas la cooptación de los recursos provenientes del petróleo, la minería ilegal y el secuestro.
En el Catatumbo, milicias del ELN dirigieron la colonización y regularon el cultivo de coca, en la serranía de San Lucas regularon las explotaciones auríferas y la coca, en Cauca y Nariño emprendieron explotaciones auríferas e iniciaron el cobro de gramaje a los cultivos de coca. Además de dedicarse a estas actividades, el ELN incursionó en la explotación maderera en Chocó. En este último caso, aunque trató de influir en las comunidades chocoanas, estas se mantuvieron al margen y más bien vieron a la guerrilla con temor y como un ejército de ocupación.
En la medida en que controlaban las economías ilegales de sus zonas de dominio, el ELN entró en conflicto con otras organizaciones armadas ilegales, fueran las FARC o lo grupos residuales de las AUC que algunas ocasiones terminaban en alianzas. Esta lógica de confrontación y negociación varía de región en región. Es decir, si el ELN tenía conflictos con las FARC en Arauca, en otros lugares podían aliarse para enfrentar a otras bandas.
Por su intensidad, el caso más emblemático de las confrontaciones locales entre insurgencias ocurrió en Arauca (2005-2010). Las tensiones entre FARC y ELN aumentaron por los intentos de la primera agrupación, con ‘Granobles’ a la cabeza, de ampliar los cultivos de coca en el piedemonte araucano, domino histórico de los elenos. A medida que la confrontación se incrementaba las FARC señaló al ELN aliarse con el Ejército y los paramilitares para combatirlas. Las posibles alianzas fueron reveladas en una investigación de Revista Semana. (Semana, «Cómo el Ejército se alió con el ELN en Arauca», 2009) Esta guerra al fin de cuentas la ganó el ELN, no obstante, los grandes perdedores fueron los civiles dado que la mayor parte de los muertos eran líderes sociales asesinados a mansalva. Algo similar ocurrió en Nariño y Cauca. Al igual que lo sucedido en Arauca, las FARC-EP acusaron al ELN de aliarse con el ejército para golpearlos.