Desde 2001 las FARC-EP realizaron una serie de acciones militares enfocadas en atacar puestos de la Policía en áreas donde buscaron incrementar su influencia. La decisión de Pastrana y su director de la Policía fue sacar a los policías de 200 municipios. Tanto el expresidente como el exdirector de la institución coincidieron al argumentar ante la Comisión de la Verdad que la salida se hizo porque los pueblos ya estaban en poder de las guerrillas o los paramilitares. Las tomas guerrilleras en pueblos donde no había Ejército no respetaron los principios de distinción, limitación y proporcionalidad. Un ejemplo de ello fue la de Algeciras, Huila, el 25 de junio de 2001, con la que las FARC-EP buscaban erradicar la presencia de Policía en el municipio. La guerrilla destruyó el pueblo con el uso descontrolado de cilindros bomba que afectaron gravemente a la población civil. La escena se multiplicó por centenares en Antioquia, Putumayo, Caquetá, Cauca, Sucre, y allí donde los frentes pudieran hacerlo.