La nueva República no cambió su relación colonial con los pueblos y territorios étnicos. A partir de 1819 se crean leyes para ordenar y reorganizar el territorio de la gran Colombia. Se declara la abolición y repartición de los resguardos para abrir paso a los latifundistas y arrendatarios. A su vez la institucionalidad buscó la integración plena de las comunidades indígenas a la “civilización”, mediante la promoción de un modelo de educación enfocado en formar ciudadanos útiles para la República.
La desintegración de La Gran Colombia en 1830 generó la necesidad de crear nuevos límites territoriales y de plantear la relación con pueblos que no habían sido sometidos por los españoles, especialmente en la Amazonía y Orinoquía donde las nuevas repúblicas de Colombia, Ecuador, Venezuela y Perú reclamaban algún tipo de potestad de los fueros de los antiguos virreinatos, audiencias y capitanías coloniales.
De esta manera la Nueva República mantuvo la política de despojo de los territorios ancestrales de nuestros Pueblos Indígenas, otorgando las tierras a las familias y élites económicas. Al igual que en la colonia española, los hacendados le entregaban una fracción pequeña de tierra a las familias indígenas, quienes debían pagar por hacer uso de la tierra con mano de obra o con la mitad de lo que produjeran. A esta dinámica se le conoció como terraje, una relación servil entre el terrajero que era considerado el indígena y el terrateniente el propietario de la tierra.