El periodo de alistamiento inició en el 2018 con estados del arte de las investigaciones sobre el conflicto armado interno, la revisión de experiencias de otras comisiones del mundo y el desarrollo de metodologías, instrumentos y enfoques para la escucha plural. Para ello se conformaron equipos de investigación regionales con profesionales con trayectoria en la investigación sobre el conflicto y el trabajo de campo a nivel local, y por otro lado, equipos nacionales con experticia en la investigación del conflicto. En esta etapa también se reconoció la importancia de centrarse en la voz de las víctimas y su dignificación, en lugar de anteponer premisas teóricas.
El trabajo inicial de investigación proponía, inicialmente, cinco líneas temáticas definidas a partir de un enfoque deductivo, pues se basaban en hipótesis y preguntas derivadas de los estados del arte sobre el conflicto, así como de los trece puntos del mandato. Con estas líneas temáticas se proponía revisar: 1) los hechos victimizantes; 2) los responsables; 3) los impactos; 4) los factores de persistencia y 5) las transformaciones y resistencias de organizaciones e instituciones que buscaron la paz.
Sin embargo, a partir de la escucha plural se reorganizó el trabajo de los equipos de investigación en diez núcleos temáticos definitivos para la investigación (2019-II). Estos recogían las temáticas sobre el conflicto más mencionadas por las comunidades en los ejercicios participativos llevados a cabo en las regiones (Mapas de vientos) y los diagnósticos comunitarios. De este modo, los equipos territoriales y nacionales integraron el análisis por núcleos temáticos a sus investigaciones respectivas.
Los diez núcleos temáticos eran:
En este primer periodo de diseño metodológico, entre julio del 2019 y febrero del 2021, se adelantaron las siguientes acciones: