Lo ocurrido durante estos años se puede caracterizar como una guerra de «buscar y destruir» a las FARC-EP en algunas regiones, mientras en otras la estrategia era la de «quitar el agua al pez», implementada por los paramilitares que continuaron con la violencia masiva hasta por lo menos 2005. En la primera parte de esta etapa, se inclinó definitivamente la correlación de fuerzas a favor del Estado en lo militar y lo político. Sin embargo, la legitimidad de los grupos de poder y las instituciones estatales fueron cuestionadas por los pactos políticos con los paramilitares y el narcotráfico, así como por la persistencia de graves violaciones a los derechos humanos como las ejecuciones extrajudiciales, el despojo masivo y los intentos por manipular la justicia. En la primera fase tuvo lugar la guerra total, con un punto de inflexión en 2008. La política de Seguridad Democrática se inscribió en la lucha contra el terrorismo y amplió el concepto de «enemigo interno». La guerra se expandió a otros territorios, al tiempo llegaron inversionistas foráneos. Los actores del conflicto involucraron de manera directa e indirecta a la población civil, a través de la financiación y las redes de cooperantes, así como de milicias y redes clandestinas. Hubo una fuerte internacionalización del conflicto con la plena implementación del Plan Colombia y con la creación de un bloque latinoamericano de izquierdas, que respaldó una salida política a la guerra. Las guerrillas instalaron sus retaguardias en las fronteras y de manera particular en Venezuela.
También fue un periodo de negociaciones incompletas y no tan claras con las AUC. Con la Ley de Justicia y Paz se abrió el capítulo de la memoria y la justicia transicional en Colombia. En este marco se hicieron más visibles las víctimas como un actor social y político, empezaron a ocupar un lugar importante en el movimiento social y en la agenda nacional. En 2010, con el cambio de gobierno de Álvaro Uribe a Juan Manuel Santos, hubo un quiebre en las élites políticas alrededor de la salida negociada del conflicto o el manejo de su fase final. Santos luego firmó el Acuerdo de Paz con las FARC-EP y su implementación comenzó en medio de una escisión social y política expresada en los resultados del plebiscito por la paz de 2016.
¿Cómo se cierra la guerra: imponiéndose sobre el enemigo en el plano militar y aniquilando su proyecto político o haciendo del fin del conflicto armado una oportunidad para la agenda pendiente en materia de modernización y democracia? Esa es la historia que contaremos en los siete hitos de este periodo: 2002- Plan Patriota -Plan Colombia; 2005-La reelección; 2008- Punto de quiebre; 2010-Verdad, justicia y reparación; 2012-Diálogos de La Habana; 2016- El Acuerdo de Paz y 2017-La transición.