Uno de los primeros equipos de la Comisión fue el Grupo de Trabajo Étnico, conformado por cinco personas. Desde el 2018 este equipo coordinó, junto a las la JEP y La Unidad de Búsqueda, el proceso de consulta previa garantizando este derecho para los pueblos. Este se dividió en tres momentos: preconsulta, consulta y concertación. Allí se discutió y concertó la metodología con la cual se trabajarían los siguientes cuatro años.
Esto llevó a la Comisión a replantearse la forma de relacionarse con los pueblos y determinar que era necesario un equipo conocedor de las dinámicas étnicas, con la suficiente autonomía y capacidad de decisión e interlocución con las demás direcciones para cumplir con los objetivos trazados.
Surgiendo en una dirección completa responsable de la transversalización de este enfoque con un equipo que finalmente contó con una directora, dos enlaces nacionales, uno para los asuntos indígenas y otro para los asuntos afro, un equipo nacional móvil de cinco personas, nueve enlaces pertenecientes a pueblos étnicos para las macroterritoriales, analistas y asesores por enfoques y estrategias.
También contó con equipos territoriales con asiento en las Casas de Verdad, enlaces territoriales y de frontera, enlaces territoriales para el enfoque de mujer, familia y generación y traductores, transcriptores y etiquetadores para las lenguas indígenas, como también para las lenguas palenquera y creole. Además, se solicitó que se desarrollara una política de inclusión de personas pertenecientes a pueblos étnicos en las diferentes instancias.
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