Con las bombas inteligentes, entregadas y monitoreadas por Estados Unidos, el Gobierno cambió el balance estratégico de la guerra al golpear, por primera vez desde 1964, al secretariado de las FARC. El primero de marzo de 2008 las Fuerzas Armadas bombardearon el campamento de Raúl Reyes en territorio ecuatoriano mediante la operación Fénix. Reyes había sido negociador en El Caguán, era el «canciller» de las FARC-EP encargado de las gestiones del intercambio humanitario y una pieza clave en las finanzas de esa guerrilla. Se rompió el mito de que el secretariado era invulnerable. Adicionalmente era una especie de punto nodal de las comunicaciones dentro del secretariado por lo que sus computadores, confiscados por la Policía, tenían mucha información que fue usada posteriormente por el Gobierno tanto en operaciones militares como en campañas de tipo político.