La mayor preocupación que se tiene actualmente es sobre el aumento del asesinato de líderes sociales. La agenda reformista de los Acuerdos de Paz, en medio de una reactivación de la violencia, generó entre 2017 y 2020 un incremento exponencial en las muertes violentas de líderes y al año siguiente una importante reducción. Según la Defensoría del Pueblo en 2017 se presentaron 126 casos; en 2018, 178; en 2019, 134; en 2020, 182; y en 2021, 145 muertes.
Las cifras manejadas por ONG muestran un panorama más desalentador, Indepaz, que lleva un registro sistemático sobre el asesinato de líderes sociales y defensores de derechos humanos ha informado que en 2017 asesinaron 207 personas, en 2018 a 298, en 2019 a 279, en 2020 a 310 y en 2021 a 168. Otros de los hechos que más alarmas genera es el asesinato de excombatientes de las FARC, según la ONU, a octubre de 2021, casi 292 excombatientes habían sido asesinados tras dejar las armas.
Para el expresidente César Gaviria, un segmento de la violencia contra líderes sociales se explica por cuenta de los conflictos sociales sin resolver en el mundo agrario y porque los denominados «terceros civiles» se negaron a ser parte de la justicia transicional: «Creo que una de las cosas delicadas que está pasando en lo de la muerte de los líderes sociales es que, claro, las FARC-EP se desmovilizaron pero los conflictos agrarios quedaron intactos, no se tocaron y esa ha sido la principal fuente de violencia en Colombia. A los civiles no los dejaron entrar al Acuerdo de Paz porque hubo una gente que se opuso. Absurdo, no sé si entendían bien las consecuencias. Mientras los militares se sometieron, los civiles no se sometieron y eso ha tenido una implicación muy grande, los conflictos siguen ahí. Ellos [los civiles que no se acogieron a la justicia transicional] siguen con los problemas en la justicia ordinaria, esos problemas los controlaban con sus pequeños grupos “paras” locales [donde] ha habido una reproducción o quedó algo vivo del pasado, porque esos problemas de los colonos los controlaban con paramilitares [...] Yo creo que todavía debería ser tiempo para resolverlos, porque mientras no se resuelvan eso va a estar allí». (Conversación de los comisionados con el expresidente César Gaviria, el 11 de noviembre de 2020, en Bogotá, Colombia).