A partir de 1992, se activó un nuevo ciclo de violencia en la región de Urabá, principalmente en los municipios donde ocurrieron los principales hechos contra pobladores urbanos y rurales, sindicalistas y militantes de la UP y de los esperanzados. De acuerdo con reportes del Cinep y la Comisión Intereclesial de Justicia y Paz (CIJP), la violencia arreció en la década de 1990: solo entre 1991 y 2001 se registraron alrededor de 97 masacres con un total aproximado de 607 víctimas. De esas masacres, 21 sucedieron entre 1992 y 1993, cuando se activó la confrontación de las disidencias caraballistas y las milicias bolivarianas del V Frente de las FARC-EP contra los Comandos Populares y los Esperanzados (miembros de Esperanza Paz y Libertad; mientras que 52 sucedieron entre 1995 y 1997, cuando la mayoría de integrantes de las disidencias del EPL y de los Comandos fueron cooptados por las ACCU.
Cambios de bando
En agosto de 1996, acorralados por sus disputas con las FARC-EP y por los operativos militares, 110 integrantes de la disidencia del EPL entregaron sus armas en una finca de los hermanos Castaño en Monteria. A pesar de las promesas del Gobierno, los desmovilizados nunca pasaron por un programa de reinserción. Por el contrario, fueron reclutados por las ACCU para engrosar las filas del paramilitarismo.
Los paramilitares no solamente pudieron conocer con detalle el funcionamiento de sus principales contendores militares, sino que, en ciertos contextos, esto les permitió moverse con facilidad en diferentes regiones, conocer los mecanismos y estrategias para el relacionamiento con las comunidades, e incluso les sirvió para adoptar ciertas prácticas o formas de desarrollar la violencia. En un conflicto armado de larga duración como el colombiano, el factor subjetivo, que tiene que ver con las destrezas adquiridas en la guerra y su transmisión de generación a generación, es uno de los factores que explica su persistencia. Al respecto, Darío Úsuga, alias Otoniel, señaló en entrevista con la Comisión de la Verdad:
«Ahí fue el crecimiento más de las ACCU a nivel de organización de autodefensas de allá abajo en esa época. La llegada del EPL fue el crecimiento de ellos más a nivel militar en todas partes. Ahí fue la expansión de la autodefensa. Ahí fue la expansión porque llegó mucho comandante de experiencia, entonces ya ellos comenzaron a mandar gente para todas partes, porque allá abajo no había nada. Es que cuando yo llegué, los grupos que ellos tenían para esa zona, que era el grupo de combate de ellos, eran 40 hombres apenas. Comenzaron a recoger gente y casi toda era del EPL, lo armaron de una vez». (Entrevista 084-PR-03529. Hombre, excomandante paramilitar)
Gran parte del control territorial obtenido por las ACCU en Córdoba y Urabá estuvo determinado por la ventaja militar que representó la incorporación de esa disidencia, así como de desertores de las FARC-EP.
Con la incorporación de estos combatientes a las ACCU, los paramilitares iniciaron el repoblamiento del sur de Córdoba. Muchos de ellos trabajaron bajo la égida de Vicente Castaño, hicieron parte de la expansión al sur del país y se rehusaron a dejar las armas en las desmovilizaciones de 2005. Sus nombres aparecen hoy como los principales jefes de las Autodefensas Gaitanistas de Colombia o Clan del Golfo. Uno de ellos fue Darío Antonio Usuga, alias, Otoniel, detenido en noviembre de 2021.
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