En las primeras cuatro décadas del siglo pasado se dibujaron los conflictos asociados a la creación de un Estado y una sociedad modernas, un tipo de democracia y régimen político que ya no cupo en los marcos institucionales y mentales de la hegemonía conservadora. Primero, la alternancia del poder fue traumática, particularmente en lo local, y a partir de pequeñas violencias ignoradas o alentadas desde el centro se desató la guerra civil conocida como la Violencia. En segundo lugar, la emergencia de nuevos actores sociales, la clase trabajadora y campesinos en busca de su propia tierra generaron un nuevo campo de representación política en el que actuaron corrientes socialistas y comunistas, pero que finalmente fueron canalizadas por el Partido Liberal. El asesinato de Gaitán representó el sabotaje al proceso de democratización que incorporaba a las clases populares dentro del propio Partido. Durante la guerra civil, el liberalismo abandonó la representación de un sector de estas clases sociales emergentes, lugar que tomaron tanto los comunistas como el propio general Rojas Pinilla en la década siguiente.
En estas décadas se mantuvieron los conflictos agrarios en torno a la tenencia de la tierra en las regiones integradas y los grandes valles, se consolidó la tendencia a resolver el problema agrario con la asignación de baldíos y el estímulo a la colonización. Ello incidió en la perpetuación de un modelo de Estado cuya relación con los territorios estuvo marcada por la delegación de su presencia en élites regionales adscritas a los directorios de ambos partidos, por el racismo y la exclusión, así como por la protección de privilegios a grupos de poder nacionales o extranjeros.
En este periodo, el recién creado Partido Comunista de Colombia, a pesar de estar adscrito a las políticas de Moscú que abogaban por la construcción de alianzas con los sectores demócratas de la burguesía, mantenía en su interior diferencias entre unas facciones que privilegiaban el uso de las armas y otras que preferían las vías políticas. Esto se expresó en la decisión de conformar autodefensas comunistas que fueron reprimidas por los gobiernos conservadores y la dictadura de Rojas. Las controversias al interior de los comunistas, entre política legal y opciones armadas, acompañarán gran parte de esta historia y serán claves para entender tanto los orígenes como los desenlaces posteriores del conflicto armado interno.
Los años cincuenta representaron un punto de inflexión porque, en medio de una guerra civil, la dictadura entró a jugar en el contexto de la Guerra Fría, con la participación en la guerra de Corea. El trato que se le dio al movimiento agrario del centro del país estuvo impregnado de una lectura complotista.