Los años del gobierno Samper (1994-1998) coinciden con un incremento de todas las formas de violencia y con una disputa por el territorio y el poder local entre diferentes actores que usaron la violencia y la coacción. La corrupción se había enquistado en las instituciones civiles, policiales y militares. Aunque se creó la Fiscalía, estos años y los siguientes significaron el fracaso de la justicia. Por eso al finalizar el gobierno de Samper en la política estadounidense se instauraba la idea de que Colombia estaba al borde del colapso, ad portas de ser un estado fallido.
El Estado colombiano buscaba mantener una soberanía sobre el territorio, pero presenció una escisión de su soberanía y en particular de su legitimidad (eje sobre el que gravitan las relaciones entre las instituciones y los ciudadanos). Durante el gobierno Samper había dos estados: uno en Bogotá que se enfilaba a mantener en el poder al presidente y otro en unas regiones que poco a poco eran disputadas por guerrillas y paramilitares con dos proyectos de país. En los dos casos el narcotráfico jugaba un papel fundamental.
En medio del caos el gobierno de Samper impulsó políticas de derechos humanos y protección humanitaria que en el largo plazo contribuyeron a que la sociedad no sucumbiera. En el escenario político la atención estaba concentrada en el juicio a Samper, pero en el terreno Colombia se estaba desangrando. Mientras el presidente fue exonerado, el garrote de la política antinarcóticos se concentró en el eslabón más débil de la cadena: las fumigaciones que afectaron a los campesinos.